آکواریوم استانبول در منطقه باکیرکوی، در محله شلینکوی استانبول واقع شده است. این منطقه تقریبا در مرکز استانبول است.مساحت آکواریوم استانبول که در دو طبقه ساخته شده به حدود 22 هزار مترمربع میرسد.
آکواریوم استانبول بخشهای مختلفی دارد که یکی پس از دیگری واقع شده است. شما با گذر از هر بخش پوشش گیاهی، جانداران دریایی و شرایط جغرافیایی آن منطقه را مشاهده میکنید. طول مسیری که از بخش های هفتگانه آکواریوم استانبول میگذرد، حدود 1.2 کیلومتر است.
بخشهای مختلف آکواریوم استانبول از این قرارند:
دریای سیاه
تنگه بسفر استانبول
دریای مرمره
تنگه داردانل
دریای اژه
کانال سوئز
دریای سرخ
قاره جنوبگان
دریای مدیترانه
تنگه جبل الطارق
شرق اقیانوس اطلس
شیار میانی اقیانوس اطلس
غرب اقیانوس اطلس
کانال پاناما
اقیانوس آرام
زیردریایی ناتلیوس
جنگلهای بارانی آمازون